故事发生在从近未来到两百年后的历史跨度上，地球文明被三体用一种叫做智子的超级科技锁死，基础研究因而停滞不前。但人类仍然需要在此基础上不断前进来抵御即将到来的三体人的进攻，守卫自己的家园和人类文明。在更广大的基础上，三体文明和人类文明都是黑暗森林下的猎手，小心翼翼的保护好自己并且清理别人，为文明的存续而挣扎。
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尤娜（斋藤千和 配音）是高华国的公主，从小生活在父亲的精心呵护之下，尤娜的性格单纯而又善良。尤娜一直暗恋着堂兄苏芳（小林裕介 配音），苏芳亦对尤娜爱护有加，然而，尤娜的父亲伊尔（赤城进 配音）却十分反对两人的交往。即便如此，尤娜依然无法放弃心中对于苏芳的爱恋，某日，她决定将这感情向父亲倾诉，却因此意外撞破了苏芳将父亲杀死的场面。就这样，尤娜和护卫哈克（前野智昭 配音）踏上了逃亡的旅途。忠诚的白龙季夏（森田成一 配音）、外冷内热的青龙弦亚（冈本信彦 配音）、温柔体贴的绿龙翟鹤（诹访部顺一 配音）、可爱的黄龙泽诺（下野紘 配音），只有得到了他们的帮助，尤娜才有可能获得生存的希望。
帕尔斯是一个富饶而又强大的国家，百姓们在此安居乐业，国泰民安。然而，异教徒之国鲁西达尼亚的铁蹄踏破了帕尔斯的宁静，纷飞的战火烧毁了辛苦维系的和平。帕尔斯在战场之上节节败退，丢掉了大片的疆土，国家走到了灭亡的边缘，王子亚尔斯兰（小林裕介 配音）亦不得不踏上逃亡的旅途，一路上保护着他的，是忠诚而又强壮的骑士达龙（细谷佳正 配音），两人相互扶持，是否能够完成复国的愿景呢？那尔撒斯（浪川大辅 配音）、耶拉姆（花江夏树 配音）、奇夫（大桥贤一郎 配音），一路上，亚尔斯兰结识了一群愿意跟着他出生入死的好友，他们相互信赖，相互依靠，彼此之间结下了深厚的友谊。在重重的困难之中，一行人艰难的向着王都进发。
萧羽重生得知T病毒将席卷S市，丧尸还会持续进化，常规躲避方法失效。绝境中他意外激活系统，击杀丧尸可组建“职业女神战队”。萧羽救下安小冉，成功激活系统后战队成立，二人发现系统空间可共享，便开启疯狂囤货模式，从商场仓库到屠宰场一路扫荡。
有一段时间,我(作者)沉迷于伟大物理学家霍金的宇宙与时间学说,无法自拔。后来我拿到这个命题《超神学院》,同时我玩着英雄联盟这个游戏,于是,展开了我对宇宙与未来漫无边际的想象。也许《超神学院》并没有遵守任何现代科幻与奇幻的格式与套路,而毫无顾忌的做着自己的梦想,一个类似于动漫中国梦的梦想.就让我们从地球保卫战开始,慢慢探讨人与未来吧.超神学院主要分4个季度讲述神与未来的科幻/奇幻故事.第一季度重点讲述地球人是怎样建立并训练一只足以抵御未来威胁的雄兵连战队,第二季度主题则是放在航空母舰巨峡号上,开始一场波澜壮阔的地球保卫战,第三季度则围围绕乱世出英雄,来讲述每个已经成熟了的雄兵连战士的英雄故事。
