神奈川新机场被用面具遮住脸的武装团体“兽”占据。再次被卷入事件的武藏，向1年前的事件以来，休职中的管理官·和泉樱请求协助。情报分析官志摩和新的朋友也加入其中，从机场救出人质，“消灭”比前作的“鬼”更危险的“兽”。另一方面，在横浜湾医院握手术刀的武藏的妻子心脏内科医生裕子也被卷入了某个事件。解救人质的期限只有一天。“兽”们的真面目、目的、还有武藏家的命运是什么呢?
在与戈鲁戈姆战斗后半年，本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下，但光太郎不答应，于是杰克将军便将其变身机能破坏。变身机能破坏的情况下，光太郎被扔往宇宙。在即将变为宇宙尘埃的时候，光太郎被神秘的太阳光线照射，其体内的帝王石亦产生了变化，光太郎也因此变成了新生的光之王子·“太阳之子”假面骑士BLACK RX，并展开了与克萊西斯帝国的战斗。
率领“榊原酒店集团”的社长榊原总一朗病倒了，被传是继承人的7名流氓董事代替了他的职务。让美食家榊原吃“背叛饭”的秘书小野寺真理子，面对围绕继承人之争而暴走的董事们挺身而出。
