在人们与风共度的城镇·风罗市，每年都会举行一次“风祭”。在祭典的最后一天，传说中的宝可梦·洛奇亚会出现，并带来恩惠之风——在这样的古老传说仍然流传之际，聚集在城镇的人们怀抱各自的心绪前去参加祭典……。宝可梦的新手女高中生，莉莎。停不下说谎的吹牛男人，卡加奇。对自己没有自信的软弱研究家，托利托。厌恶宝可梦的古怪婆婆，翡翠。独自一人伫立于森林中的神秘少女，拉尔戈。小智、皮卡丘与他们相遇，驱动起大家的故事——。

看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤，缅因猫兽再度开始暴走。“不能让你诞生在世上…”从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙——西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽，逐渐解明真相。保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除。随着暴走的缅因猫兽的出现，现实世界开始进入毁灭前的倒计时。其所波及的地点接连发生异变。因歪曲而现身的数码宝贝们，等待着那一时刻的来临——被选召的孩子们，受到异常的数码世界排斥，返回现实世界，却因为与搭档数码宝贝在一起而遭到人们的追赶。众人陷入孤立无援却仍然拼命地寻求对策，与此同时芽心独自一人持续烦恼着。同伴和数码宝贝的声音，都传达不到因背负过大的负担而遭受打击的她心中…之后，残酷的命运，甚至逼近了灵魂比任何人都率直纤细的八神光身边——

太一等人因为狮子兽的死产生了动摇，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真相。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。为了防止其他数码宝贝被感染，光子郎在办公室建立了隔离区，然而巴达兽却已经出现了被感染的征兆……此时，数码宝贝们告知了大家一个有关数码宝贝世界的重大秘密。面对秘密的真相以及再度出现的缅因猫兽，太一等人陷入了苦恼当中，而在各自的想法碰撞中，他们也做出了自己的决断……“如果总是想着总有一天会怎么样的话，那么就不知不觉要成为大人了哦。”现在，冒险再度进化。

以成为神奇宝贝大师为目标，小智（松本梨香配音）、小刚（うえだゆうじ配音）和小光（豊口めぐみ配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。关键时刻，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜（北乃きい配音）、凯宾（岸祐二配音）帮助了他们，能与神奇宝贝心灵沟通的西娜还熄灭了冥王龙的怒火。从西娜口中得知，创造了世界的神奇宝贝即将苏醒，它不仅会使时空扭曲错乱，还将为世界带来毁灭性的灾难……本片为神奇宝贝系列第十二部电影剧场版。

小智（松本梨香配音）一行人继续着磨练技艺的旅途，他们来到了欧鲁德朗城，这里正在举行为了纪念百年前阻止了战争的勇者亚朗而设置的对战祭典。小智带着皮卡丘（大谷育江配音）勇敢参战，并且最终凭借着强大的实力夺得了头筹，获得了珍贵的宝物“勇者之杖”。然而，让小智没有想到的是，传说中的神奇宝贝路卡利欧竟然从杖中现身，它的重现江湖揭开了一个隐藏了百年的秘密。与此同时，神秘莫测的神奇宝贝梦幻现身会场，掳走了皮卡丘和喵喵。为了找回皮卡丘，小智和贝路卡利欧踏上了旅途，他们的终点是世界初始之树，在那里隐藏着一切问题的答案。

在代欧奇希斯（以下代欧）变成防御型态与裂空坐持续激战的同时，拉鲁斯市广播系统昭告大家紧急避难。市民们听到广播后便惊慌疏散。代欧此时又变成攻击型态，并对裂空坐释出攻击。广播持续呼吁民众这并非演习，而小超则在逃窜中的人群当中，大惑不解为何代欧还活着。当小超在避难时遇见一只难过的正电拍拍。小超一看到神奇宝贝顿时吓坏了，但听到它的求救声便镇静下来。原来它的同伴负电拍拍被陷进垃圾桶里无法挣脱，小超决定帮忙。当他打开垃圾桶盖时，忽然负电拍拍迫不及待地冲出来！小超又吓坏了，不由自主地想要逃离现场，这时忽然小卡比兽也从垃圾桶冒出来！可怜的小超就这么昏过去了。之后小智赶来发现不省人事的小超，便用尽方法想把小超叫醒。小超苏醒后却不高兴地嫌小智多管闲事（背景的小卡比兽则捡着垃圾吃）。此时小遥、小刚、正太、阿隆、一位女性和两位双胞胎女生也赶到，而小智正催促小超赶快逃难。但小超还来不及动作，忽然一束死光射到他们附近的地面，把大家吓得魂飞魄散！大家惊魂甫定时，小超告知有个地方可以躲难，一行人便跟了过去。小超带大家来到他之前去的玻璃温室植物园。当小超对植物园的入口读卡机刷卡时，发现读卡机故障，门打不开了。正太自告奋勇地用双手奋力把门扳开。当大家为正太喝采时，阿隆盯着小智看，轻蔑地说小智怎么还待在拉鲁斯市里，以为他惨败后早该羞愧地回老家了。小智生气地说要再跟他比一场，小遥只得劝架说现在不是时机，但这时一旁的两位双胞胎女生加油添醋地说她们的哥哥绝不会输给小智。小智质问她们是谁，而那位女性解释那两位小女生是正太的妹妹们，オオドリ（暂：大鸟）和キャサリン（暂：凯萨琳）。女性则自我介绍是ヒトミ（暂：小瞳）。接下来我们都知道小刚会做出什么反应啦，而小胜也立刻拉走小刚的耳朵。之后阿隆问大家该如何在植物园里打发时间，而小瞳则拿出笔记型电脑开始查询那只DNA神奇宝贝的资料。但出乎她意料之外并没有任何代欧的资料，正太则催促她继续尝试（背景的小卡比兽正在睡觉）。此时小智询问一脸哀伤的小超怎么了，而在其他人的关切下，小超开始诉说他四年前的经历。小超仰望着还在激战的两只神奇宝贝，在大家（除了小卡比兽）的全神贯注下，说代欧是从宇宙来的。四年前一颗陨石击中地表，而从陨石中，迸出那只被伦多博士命名为“代欧奇希斯”的神奇宝贝。由于它侵犯了裂空坐的大气层领域，于是大激战开始。裂空坐的破坏死光之后准准地轰碎代欧奇希斯，成为零星碎片。阿隆对小超的故事怀疑并嗤之以鼻，而正太也叫小超别把他们当小孩骗，并反问为何代欧现在还活着？小超只能回答他不知道。此时在温室植物园上空，代欧开始复制自己的“影子代欧”分身。分身群一看到四处躲藏的惊慌市民，居然就开始冲下来，掳走市民到不知名的地方去了！在植物园中小智他们仍藉着小瞳的电脑收听广播。记者播报现在拉鲁斯市被?\罩在代欧所形成的透明罩里无法对外通行，并且影子代欧们群仍不停地掳走人们。小瞳关掉电脑，正太则担心被困在这里。在窗外的影子代欧群不时地逼近，把大鸟和凯萨琳吓哭了。忽然一只分身冲破玻璃屋顶进来，小超看到赶紧叫大家赶快跑，但影子代欧却已经冲下来了！正太叫出水箭龟用高压帮浦，却对影子代欧无效。就在正太纳闷为何无效的时候，从背后另一只影子代欧偷袭正太和水箭龟，从屋顶破洞把他们掳走了！阿隆生气地叫出火焰鸡使出火焰飞踢，小智叫皮卡丘用十万伏特，小瞳叫出巨金怪用彗星拳，双胞胎叫出溜溜糖球和雨翅蛾用泡沫光线。这些神奇宝贝在对付影子代欧群时，小智叫大家赶快逃走，阿隆则问小超是否知道紧急出口在哪。突然小刚发现他的宝贝球无法打开了，其他人也惊觉他们的也不行。影子代欧又杀出重围逼近小超，害他只好继续逃躲。阿隆叫火焰鸡攻击影子代欧，并叫大家别管他而先行逃离。阿隆请小遥照顾好他的两个妹妹，但小遥不想丢下阿隆不管。此时小刚正着急地想叫醒小卡比兽（居然到这节骨眼还在睡），而火焰鸡持续使出上勾拳拖延时间，让小遥她们有时间跑到出口。小遥叫正在战斗的小智他们赶快跑过来，但小智他们还是吩咐小遥她们先行离开。忽然，小卡比兽打了大大的呵欠，同时嘴里冒出白光照射整个温室，居然把所有影子代欧给光分解了！小智他们便趁机跑向出口离开。此时在伦多博士的研究实验室里，伦多博士不省人事地躺平。助手春野手持电击棒，嘴里假惺惺地感谢伦多博士的努力带给他不少的方便，忘我地盯着水晶球体，幻想自己能如何地从中获得暴利和权势并掀起神奇宝贝界的大革命。这时忽然有人敲门把春野吓了一跳。原来外面是小超和一行人，小超则对一行人解释实验室是建造在植物园的底下。春野这时开门让大家进去，但实验室里都不见伦多博士的人影。小超问春野父亲的下落，春野骗说伦多博士已经出门找他了。小超担心外面那么危险爸爸会不会有事，春野则叫小超不要穷担心。小智打算出去寻找博士，但阿隆则叫小智不要贸然行动造成大家的担心。一群人便待在一起等伦多博士回来。已经晚上了，却仍不见伦多博士的踪影。大鸟和凯萨琳一直喊累喊饿，阿隆只好哄她们安静再等一下。此时小卡比兽手拿着三明治走向大鸟和凯萨琳，那对双胞胎以为这只好心的神奇宝贝带给她们食物，却看到小卡比兽当面把三明治吞掉了！两个女生顿时大哭，小智则决定要出外找食物。阿隆仍是提醒小智外面的危险，但这次小智毅然地跑出去，阿隆和其他人只好尾随。在外头可看到影子代欧四处飘移，如同在巡逻一般。小智他们放低姿态以免被发现，并一起计画找寻食物大作战。当影子代欧暂时离开后大伙便分头行进，而小智、皮卡丘和小刚找到了一台热狗贩卖机，但电源切断了。小智叫皮卡丘使出十万伏特，那台电动贩卖机便一边启动一边播放音乐，热狗不停地掉出来，小刚他们就尽可能地抓了一大把。忽然，小刚把小智压在地上，并叫他不要出声，原来头顶上飘着一群影子代欧。小智他们躲在贩卖机后面，但机器的音乐却还在播放！影子代欧听到音乐后往贩卖机逼近，小智他们则吓得以为死定了。忽然小超和正、负电拍拍从另一头走出来，完全不知道影子代欧的存在。分身们立刻冲向小超，但正、负电拍拍联合用了电击绝招保护小超。这时，一只影子代欧倏地攫住负电拍拍和小超！小智便奋不顾身地抓住那只分身并猛咬它的一只手臂，小超便挣脱成功了。小智问小超是否安然无恙，皮卡丘则持续攻击其他分身。但为数实在太多了，小智叫大家赶快逃离，但小超仍担心负电拍拍的安全。小刚呼吁他们自身的安全更重要，于是他们便逃离现场了。他们来到一间开着窗户的建筑物，于是便爬进窗户躲藏。影子代欧群飞掠过来，幸好没有发现小智他们的踪迹。在稍微喘气后，小超发现正电拍拍为它的同伴难过，便试着抚摸安慰正电拍拍，却因为幼年创伤的身体排斥反应让他无法这么做，只好对正电拍拍道歉。此时皮卡丘在这栋建筑里找到一瓶水，让大家心情好了起来。之后大家费了一番力气回到实验室，并一面吃着热狗一面称赞多好吃。此时阿隆指着小瞳的电脑广播，告诉小智那些被影子代欧掳走的人们（包括火箭队…和可达鸭）都被带到不知名的地方。小刚对那个特定地方感到奇怪，这时忽然听到伦多博士的声音！原来他从柜子里昏沈地爬出来，显然不知道自己被电昏的事情。博士说代欧正在找它的朋友，并问大家春野在哪里。大家说春野出去了，博士环顾四周发现水晶球体不见了。小超问父亲那是什么，伦多博士则回答，那球体是代欧奇希斯的另一部份身体。之后博士透露原来那球体就是让代欧再生、复制的关键！小胜告知春野带着球体离开了，阿隆则猜测原来代欧就是为了找回这球体才返回攻击大家的。忽然，之前在植物园里的神秘光芒又出现在小超面前和他“谈话”。小超向大家介绍这是他在植物园认识的朋友，之后那光芒形成另一只代欧奇希斯的身影。小超告诉父亲或许水晶球体还有生机，便冲出去寻找，后面跟着其他人。此时在拉鲁斯市的偏僻处，春野带着一只箱子疯狂地跑。忽然从两只神宝的战斗中射来一束死光，在附近的地面爆炸让春野失去重心并摔倒箱子滚出水晶球体。爆炸引发的碎石开始落向春野，而这伦多博士的助手就被掩埋了。在天空中的两只神奇宝贝也没闲着，裂空坐开始用身体紧缠代欧，让代欧无法动弹。小超后头跟着其他人，藉由那个光芒的带领下继续向前跑。小超现在了解为何代欧奇希斯不想要孤独，并感同身受地决定要成为代欧的朋友。其他人也决定帮助小超停息裂空坐与代欧之争。此时春野挣脱瓦砾堆，一边咒骂水晶球体带来他的麻烦。春野这时困惑地找寻水晶球体的下落，但立刻信誓旦旦地自信一定能很快找到。他拿出遥控器按了钮，激发不远处的水晶球体射出强光。在天空中，被裂空坐缠住的代欧往下看到晶体，脸上顿时露出愤怒的表情。回到地上，引导小超的光芒正往水晶球体发出的强光接近，小智则兴高采烈地说找到了。阿隆觉得奇怪为何水晶球体会发出强光，大家便蹲下来端详。此时春野出现说水晶球体是他的，并伸手准备拿的时候，一群影子代欧过来把春野包围住了。阿隆认为它们也是要来拿水晶球体，此时小智决定，这次要帮助春野…！！

故事描述一个叫屁祖隐的女人带着5岁的少年来到野原广志和美冴的家里，告诉他们自己是广志和美冴的5岁儿子新之助的亲生母亲。二人留宿的当晚，野原家遭到神秘忍者集团的袭击。新之助被绑架了。屁祖隐家是忍者的故乡，世代守护着地球的能量“宁特鲁”的家族。于是，地球的存亡就交给了新之助的忍法。

故事描述一个叫屁祖隐的女人带着5岁的少年来到野原广志和美冴的家里，告诉他们自己是广志和美冴的5岁儿子新之助的亲生母亲。二人留宿的当晚，野原家遭到神秘忍者集团的袭击。新之助被绑架了。屁祖隐家是忍者的故乡，世代守护着地球的能量“宁特鲁”的家族。于是，地球的存亡就交给了新之助的忍法。

立志成为一名考古学者的小狼和古楼国的公主－樱从小青梅竹马。两人虽然互有爱意，但是谁都没有勇气开口。一天夜晚，樱落入了由于为了获得樱所拥有的改变世界的力量而设计陷害他的飞王的阴谋，而失去了全部的记忆。变成羽毛的记忆也飞到了各个时空中。为了拯救樱，小狼开始了通向异次元的行程...在次元魔女郁子的摩可拿的引导下,,小狼和小樱来到了"鸟笼国"那里的人们和鸟类为伴和平共处......可是由于国王的暴政,,反叛者们对鸟类施以暴行用不可思议的羽毛力量统治国家的国王最终他所拥有的究竟是不是小樱的记忆呢?